La ville prospère grâce au commerce du vin et à l’autorisation de l’Empereur Maximilien d’un prélèvement de droit d’entrée. Quelques maisons Renaissance du 16e siècle témoignent encore aujourd’hui de cette prospérité.
La guerre de 30 ans (en 1618, Turckheim compte env. 1200 habitants) et l’arrivée des Suédois firent de terribles ravages, en 1648 la ville n’héberge plus que 18 familles.
A la fin de cette guerre, le Roi de France réunit le pays d’Alsace à la couronne, et Turckheim devient une ville française tout en se considérant encore comme liée à l’Empire. Cela mit à mal l’harmonie au sein de la Décapole.
Le 5 janvier 1675, le Maréchal Turenne gagne la bataille contre les Impériaux de Frédéric Guillaume électeur de Brandebourg, commandant de l’armée Austro-Brandebourgeoise. La ville connaît alors un nouvel essor économique grâce à la paix française et à l’arrivée de populations immigrées de Suisse et du Vorarlberg, et c’est en 1743, que la première papeterie se construit.
Vers 1830, après l’épopée Napoléonienne, le commerce se redresse; une nouvelle église est construite en 1839, les quais de la Fecht sont endigués. Dans les anciens moulins sur le Muhlbach se développent les papeteries et l’ industrie textile.
La ligne de chemin de fer Colmar – Turckheim – Munster est inaugurée en 1868.
Les années d’annexion à l’Allemagne (1871 – 1918) donnèrent de l’impulsion à l’industrie, mais furent difficiles pour la viticulture à cause de la politique viticole de l’administration allemande et des maladies de la vigne.
Après les années sombres (1940 – 45), la ville a connu une véritable renaissance; commerces, industries et viticulture ont modelé un paysage unique et la qualité de vie de ses habitants.

Une statuette de Mercure, des pièces de monnaie romaines, des poteries, des tombes avec vases funéraires témoignent de la présence romaine dès 27 av. JC sur les sites Thalweg et Hohmur. 
En 896, un acte du Roi Zwentibold confirme l’existence de l’Abbaye de Munster qui possédait à Turckheim une cour colongère. C’est dans la charte de Wissembourg qu’est cité la première fois le lieu THORENCOHAIME.  
L’histoire ne s’écrit qu’à partir du 14ème siècle, quand la cité relève également de la Maison d’Autriche, par le biais du fief du Hohlandsbourg. 
La chronique des Dominicains rapporte qu’en juillet 1288 une tempête a emporté 400 toitures, ce qui prouve que l’agglomération était déjà importante.En 1312, l’Empereur Henri VII élève le village au rang de ville d’Empire et accorde l’autorisation d’édifier une enceinte.En 1354, Turckheim entre dans la ligue de la Décapole. Elle était ainsi administrée par un Landvogt, et placée sous la protection d’un comte palatin du Rhin.